УПОЗОРЕЊЕ: Следећи чланак садржи спојлере за Дани су прошли .
После отприлике 40 сати играња како би завршили главну причу, многи играчи ће оставити своје контролере по страни и отићи Дани су прошли занавек . Други ће покренути потпуно нову датотеку за спремање. Међутим, они који наставе да играју након уврштавања кредита биће награђени тајним завршетком, оним који има огромне последице.
Када се завршна мисија заврши и Чаробно острво буде уништено, карта отвореног света игре и даље је доступна за лутање. Одатле играчи могу да испуне све преостале споредне циљеве, као што су Фреакер Хордес или НЕРО истраживачка места. Након неког времена, играч ће добити радио поруку од истраживача НЕРО-а Јамес О'Бриан-а, који ће затражити од играча да га упозна.
Када главни јунак Ђакон Сент Џон сретне О'Бриана на старом гробљу, ствари постану блаже. У прологу играч упознаје О'Бриана, који носи хазматично одело целог тела и кацигу са прозирним екраном. Овде се види његово лице. Међутим, током остатка игре О’Бриан-ова маска је затамњена, што значи да Деек не може да му види лице.
Разлог за то открива се само у резиденцији тајног завршетка: О'Бриан је заражен. Напокон скида маску да би открио грозан, васкуларни вид, због чега је Деацон устукнуо. О'Бриан објашњава да се вирус који је створио Фреакерс брзо развија и да је сада у фази да може да нападне лимфни систем (који помаже у заштити тела од болести и инфекција) неинфицираних људи. Такође открива да виша руководства у НЕРО-у већ неко време знају за ово, и упозорава Ђакона да долазе. О'Бриан одлази скачући у хеликоптер у ваздуху нељудске снаге и окретности.
Овај кутцецене говори да овај нови сој вируса ствара потпуно нови облик Фреакера, који одржава когнитивне функције човека, али поседује снагу, брзину и агресију створења против којих се Ђакон бори Дани су прошли . Заправо, у неколико тачака ове сцене О'Бриан-ово тело чини наизглед нехотичне трзаје, па чак предузима неколико корака према Дееку пре него што се извини. Иако никада није изричито наведено, чини се да се О'Бриан опире биолошком нагону за нападом који је изазвао вирус.
Јасно је да је овом сценом требало да се оставе отворена врата за а Дани су прошли наставак, нешто што сада изгледа као да се никада неће догодити. Уместо оптимистичног завршетка Деекова одласка у залазак сунца са Саром, овај је преокрет завршио утакмицу на тамнијој, претећој ноти. Нови облик Фреакера представљен преко О'Бриана створио би страшног непријатеља у другој игри, што би сигурно пратило Деацонове напоре да открије истину о вези НЕРО-а са вирусом.
Вреди напоменути да, иако НЕРО има истакнуто место у њему Дани су прошли , Ђакон се заправо никада не бори против њих. У мисијама у којима су представљени, Деек се може само прикрадати војницима и истраживачима, јер игра јасно показује да су њихова одела превише ојачана да би могао да их пресече или пуца. Наставак би вероватно учинио НЕРО главним антагонистом, с Деацон-ом и компанијом који су морали да се суоче с њима. Међутим, како ствари стоје, ово је прича која ће остати неиспричана.
